Từ ngày 10 đến 25 tháng 6 năm 1989 xảy ra sự cố xô xát giữa tự vệ phường Nguyễn Cư Trinh với sinh viên ở Ký túc xá 135 Trần Hưng Đạo (Quận 1), xuất phát từ một vụ va quẹt xe.[105] Khi hay tin sinh viên cùng trường là người va quẹt xe bị tự vệ của phường đánh, 200 sinh viên trường đã kéo đến trụ sở phường, sau đó hai bên xảy ra xô xát.[106] Vào ngày hôm sau 11 tháng 6, sinh viên viết văn bản kiến nghị chính quyền giải quyết vụ đánh sinh viên.[107]

Năm 2018, một giảng viên trẻ của nhà trường đã bị tố cáo có những hành vi không đứng đắn với sinh viên và bị nghi ngờ sửa điểm nhiều bài thi. Tuy nhiên, các điều tra sau đó chứng minh rằng giảng viên trên chấm sai cơ cấu điểm của bài thi. Nhà trường đã ra quyết định kỷ luật giảng viên này với hình thức kỷ luật là cảnh cáo 12 tháng vì vi phạm về tác phong, lời nói, hành động không phù hợp với môi trường giáo dục.[108][109]

Ngày 10 tháng 10 năm 2021, Ký túc xá 43-45 Nguyễn Chí Thanh đã xảy ra vụ cháy tại một phòng ở tầng 4. Vào thời điểm cháy, chỉ có 60 sinh viên ở tại đây, do trong thời gian giãn cách xã hội của Đại dịch COVID-19. Đám cháy không gây thiệt hại về người nhưng có thiệt hại về một số tài sản trong phòng.[110][111]